根据《中华人民共和国企业所得税月（季、年）度纳税申报表(B类)》填报说明的规定，
第1行“收入总额”：按照收入总额核定应税所得率的纳税人填报此行。填写本年度累计取得的各项收入金额。包括不征税收入、免税收入。
因此，贵公司应当填报1-3季度累计收入总额。不仅仅是主营业务收入，还包括其他业务收入、营业外收入在内的一切应税收入，且包括不征税收入、免税收入。
不存在重复征收企业所得税问题，
本表的第14行“已预缴的所得税额”：填报当年累计已预缴的企业所得税额。
第15行“应补（退）所得税额”：填报计算结果。计算公式：应补（退）所得税额=第12行“应纳所得税额”-第13行“减免所得税额”-第14行“已预缴的所得税额”；当第15行≤0时，本行填0。
因此，3季度应预缴的企业所得税按照第15行数据缴纳，第12行“应纳所得税额”-第13行“减免所得税额”-第14行“已预缴的所得税额”；当第15行≤0时，本行填0。为什么当第15行≤0时，本行填0呢？因为，企业所得税是分季预缴，年终汇算清缴，故，平时不退税，填0，待年终汇算清缴时，多退少补。