（一）被清算企业的企业所得税处理
企业依法清算时，以其清算终了后的清算所得为应纳税所得额，按规定缴纳企业所得税。
《企业所得税法实施条例》第十一条规定：清算所得是指企业的全部资产可变现价值或者交易价格减除资产净值、清算费用以及相税费等后的余额。
《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）第四条规定：企业的全部资产可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额，为清算所得。企业应将整个清算期作为一个独立的纳税年度计算清算所得。
清算所得=全部资产可变现价值或交易价格-资产的计税基础-清算费用、相关税费+债务清偿损益
纳税人在办理注销登记前，应当向税务机关结清应纳税款、滞纳金、罚款、缴销发票和其他税务证件。
（二）股东的税务处理
《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）第五条规定：
企业全部资产的可变现价值或交易价格减除清算费用，职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，结清清算所得税、以前年度欠税等税款，清偿企业债务，按规定计算可以向所有者分配的剩余资产。
剩余资产=企业全部资产的可变现价值或交易价格-清算费用-职工的工资-社会保险费用和法定补偿金-所得税-以前年度欠税等税款-清偿企业债务
被清算企业的股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得；剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。
被清算企业的股东从被清算企业分得的资产应按可变现价值或实际交易价格确定计税基础。
（1）股息红利所得=被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分。
法人股东：符合条件的股息所得免征企业所得税；个人股东：按“利息、股息、红利所得”缴纳个人所得税。
（2）投资转让所得（或损失）=剩余资产-股息所得-股东投资成本
法人股东：并入应纳税所得额征收企业所得税；个人股东：按“财产转让所得”缴纳个人所得税。
例：某企业终止生产经营之日的财务资料：资产的可变现价值6200万元，资产的账面价值5600万元、资产的计税基础5800万元；负债账面价值3700万元、最终清偿额3500万元；企业清算期内支付清算费用90万元；支付职工工资及社保130万元；清算过程中发生的相关税费为30万元。
（1）清算所得
（2）清算所得税
（3）可以向所有者分配的剩余资产
（1）清算所得=全部资产可变现价值或交易价格-资产的计税基础-清算费用、相关税费+债务清偿损益=6200－5800－（90+30）+（3700-3500）=480（万元）
（2）清算所得税=480×25%=120（万元）。
（3）可以向所有者分配的剩余资产=企业全部资产的可变现价值或交易价格-清算费用-职工的工资-社会保险费用和法定补偿金-所得税-以前年度欠税等税款-清偿企业债务=6200-90-130-120-3500=2160（万元）