如果非居民企业多次投资或收购持有一项股权，但仅部分对外转让，根据国家税务总局公告2017年第37号第三条第四款规定，应从该项股权全部成本中按照转让比例计算确定被转让股权对应的成本。
例如：
境外A企业为非居民企业，境内B企业和C企业为居民企业，A企业经过前后三次投资C企业，合计持有C企业40%的股权，第一次投资人民币100万元，第二次投资人民币200万元，第三次投资人民币400万元。2017年1月8日，A企业与B企业签订股权转让合同，以人民币1000万元的价格转让其持有的C企业30%的股权给B企业。则A企业持有C企业40%股权的全部成本为700万元（100+200+400），本次交易转让比例为75%（30%÷40%），该被转让的C企业30%股权对应的成本则为525万元（700×75%），本次股权转让交易的应纳税所得额为475万元（1000-525）。