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公司应缴纳部分的公积金从员工工资里扣除吗？
公积金是个人缴纳一部分，单位缴纳一部分。个人缴纳的部分从工资里面扣除。
公积金缴纳比例：
住房公积金基本缴存比例为：单位12%，个人9%，且单位和职工个人住房公积金缴存比例均最高不得超过12%；各缴存单位可以根据自身生产经营情况，阶段性适当降低住房公积金缴存比例，但最低缴存比例不得低于5%。
住房公积金，是指国家机关、国有企业、城镇集体企业、外商投资企业、城镇私营企业及其他城镇企业、事业单位、民办非企业单位、社会团体及其在职职工缴存的长期住房储金。
公积金企业缴纳部分属于工资吗？
不属于工资总额属性，属于企业成本费用性质的开支。
该项目是企业依法计缴的应由企业承担的专项开支。
按照《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》(国税函[2009]3号)规定，《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第四十、四十一、四十二条所称的“工资薪金总额”，是指企业按照国税函[2009]3号文件第一条规定实际发放的工资薪金总和，不包括企业负担的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及养老保险费、医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和住房公积金。