取得二级特别关注企业专用发票如何办理退税，以下是数豆子整理的内容。
取得二级特别关注企业专用发票如何办理退税退税机关对自查表分析核查后未发现明显疑点的，可根据审核、审批程序办理出口退税。核查后不能排除明显疑点的，应通过函调系统向出口货物供货企业所在地县以上税务机关发函调查，并依据复函情况按规定进行处理。
未收到复函前，对于尚未办理的出口退税，暂不办理。对于复函确认供货企业存在虚开增值税专用发票等问题，不得办理出口退税。对于复函确认供货企业存在涉嫌虚开增值税专用发票等疑点，暂缓办理出口退税。待复函税务机关再次复函排除相应疑点后，方可办理出口退税。对于正常业务复函，退税机关应根据出口退税审核审批相关规定办理出口退税。
根据《国家税务总局关于下发第一批出口退税审核特别关注信息的通知》(国税函[2010]143号)第一条规定，出口企业从第一批出口退税审核特别关注信息所列供货企业购货出口申报退税，尚未通过审核或虽已通过审核但尚未办理退税的，各地税务机关要通过发函调查或实地核查等手段加大出口退税审核力度，核实无问题后方可办理退税。对已办理退税的，如核查发现问题，按有关规定处理。
《国家税务总局关于下发第二批出口退税审核特别关注信息的通知》(国税函[2010]171号)第二条规定，出口退税审核系统将在出口退税审核过程中，自动比对出口企业申报信息与出口退税审核特别关注信息并作出提示：
1。经比对发现出口企业从出口退税审核特别关注信息所列供货企业购货出口申报退税的，各地税务机关要加大出口退税审核力度，核实后按规定办理。
2.经比对发现出口企业使用虚开增值税专用发票申报退税的，应立即转稽查部门处理。
3.经比对发现出口企业从特别关注信息所列办理税务登记两年以内注销的增值税企业以外的企业购货出口申报退税的，要对出口企业货物起运地、购进货物的货款支付、运费支付等情况进行核查，查清出口企业货物流、资金流是否合理。需进一步核实的，要通过函调或实地核查核实其真实供货、生产能力及纳税等情况。
增值税专用发票过期能否恢复认证？《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》(国税函[2009]617号)中"增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额"的规定。未在规定期限内到税务机关办理认证、申报抵扣或者申请稽核比对的，不得作为合法的增值税扣税凭证，不得计算进项税额抵扣。《国家税务总局关于废止逾期增值税扣税凭证一律不得抵扣规定的公告》(国家税务总局公告2011年第49号)主要内容是：废止《国务院办公厅转发国家税务总局关于全面推广应用增值税防伪税控系统意见的通知》(国办发〔2000〕12号)中的第三条"凡逾期未申报认证的，一律不得作为扣税凭证，已经抵扣税款的，由税务机关如数追缴，并按《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定进行处罚"的规定。《国家税务总局关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》(国家税务总局公告2011年第50号)规定：对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。增值税一般纳税人由于除本公告第二条规定以外的其他原因造成增值税扣税凭证逾期的，仍应按照增值税扣税凭证抵扣期限有关规定执行。所以，增值税一般纳税人在2010年1月1日后取得的增值税专用发票，除另有规定外，仍应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。如您公司因客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，可按照(国家税务总局公告2011年第50号)公告附件《逾期增值税扣税凭证抵扣管理办法》的规定，向主管税务机关申请办理逾期抵扣手续。
取得二级特别关注企业专用发票如何办理退税？综合以上内容所述，其实我们都知道针对企业办理退税的情况，往往都是需要准备自查表向主管机关申请的，然后再由部门审核无误后退税；如果审查有疑点的都会请求当地进行协查的，这里还有很多相关的资料可以免费学习的，欢迎你们来关注本网站。