上年确认未开票收入，今年开具了发票如何处理，一般会有如下两种情形：
一、是上年确认的未开票收入，没有进行会计处理，只是进行了增值税纳税申报和缴纳税款的处理。
会计处理，如果企业财务人员经过核实，确认上年未开票收入，没有进行会计账务处理，则企业需要在今年开具发票的当期进行会计处理，确认和核算当期的会计收入，并计入今年当期的损益。
而税务处理方面，由于上年已经计算销项税，并进行了增值税纳税申报并完税，那么今年开具发票的当期就不需要再次确认销项税，以避免重复计缴增值税。在开具发票和确认会计收入的当期，进行增值税纳税申报时，需要在“未开具发票收入”栏次填写负数。
二、是上年确认的未开票收入，在会计上已经确认收入，但税务上没有确认收入。
这种情况下，企业的会计处理不需要再次确认会计收入，即不需要进行账务处理，只须将开具增值税发票的相关联次作为收入确认的附件，粘贴在该会计处理的会计凭证上，并做相关的标注。
而税务处理方面，或许上年确认的未开票收入不具备增值税收入的确认条件，则企业没有计算销项税或简易计税，也就没有做增值税纳税申报和完税。则企业在开具增值税发票的当期需要计算销项税，进行增值税纳税申报和缴纳税金，并避免产生滞纳金或罚款。
未开票收入在开具发票和确认增值税收入当期进行纳税申报时，应将未开票收入正确填写在对应栏次，即在“未开具发票收入”栏次填写正数。