内部控制审计，是指会计师事务所接受委托，对特定基准日内部控制设计与运行的有效性进行审计并发表审计意见。这里面包含了五层意思：
第一，实施内部控制审计的主体是会计师事务所和注册会计师。
这与美国所要求的由专门机构认证的独立审计师执业有一定差异，主要的原因有：
一是内部控制以及内部控制审计在我国还处在起步阶段，还没有成立专门的内部控制审计机构，也就无法由专门的机构进行认证，主要还是由注册会计师在对企业的财务报告进行审计的同时整体地对报告中相应的内容进行评价。
二是注册会计师长期进行审计业务，熟练地掌握财务理论与实务，还有进行定期的后续教育，使得注册会计师成为既具有专业知识，又熟知审计程序的一个团体。内部控制审计过程中很多部分需要审计师运用职业判断。无疑，注册会计师在我国是最佳的人选。
三是由于在一般情况下，内部控制审计与财务报告审计是同时进行的，我国企业的内部控制报告也都包含在企业财务报告之中，因此由注册会计师一同进行审核，减少两者的成本，提高两者的质量。整合财务报告审计与内部控制的有效性审计的整体审计也是国际上的一个大趋势。
第二，内部控制审计的对象是“控制文件与控制信息资料”
“控制文件与控制信息资料”是经济组织设计和执行内部控制过程中所形成所有资料，其中“控制文件”是针对内部控制设计来说的，是设计内部控制形成的文件，包括预算制度、审批制度、内部报告制度等各种管理制度和业务程序手册与岗位说明书等等，“控制信息资料”则是针对内部控制执行来说的，是执行内部控制过程中形成的记录控制信息的资料，不仅包括账簿凭证报表、订货单、销货单等会计资料和与会计有关的资料，还包括各类内部分析报告、重大决策过程记录等记录控制信息的资料。“控制文件与控制信息资料”实际是内部控制系统运行过程中形成的各种文件和信息资料。
第三，内部控制审计的目标是为了保证企业的内部控制的有效性。
内部控制的重要性不言而喻，但是如何能够保证企业的内部控制符合规范，怎样证明公司出具的内部控制报告的真实性，即如何做好内部控制工作呢?
内部控制审计的概念随着越来越多的企业内部舞弊而渐渐浮出水面。内部控制审计的直接目的就是为了保证企业的内部控制有效性，对企业出具的内部控制报告以及内部控制的有效性进行鉴证。从而保证企业出具的财务报告的可靠性。
第四，注册会计师是对特定基准日的内部控制进行审计。
财务报告的可靠性并不能过分依赖于内部控制的外部审计来完成，更多的责任仍在于企业管理层建立健全内部控制并努力实现其有效执行，而且对整个年度的内部控制作出评价，其成本是极其昂贵的，也是无法实现的。同时，考虑到企业内部控制制度具有一定的持续性，并不是经常变化，从会计期末的内部控制也可以大概了解企业整个期间的内部控制情况。综合以上分析，对某个时点的内部控制发表意见是不错的选择。
第五，建立健全和有效实施内部控制
评价内部控制的有效性是企业管理层的责任，具体来讲是董事会的责任。而注册会计师的责任是在实施审计工作的基础上对内部控制的有效性发表审计意见。