个人独资企业通常从事经营活动，获得营业收入需要缴纳两种主要税款：
1、增值税：一般纳税人根据经营活动性质缴纳13%、9%或6%的增值税，小规模纳税人缴纳3%或5%的增值税。
2、个人所得税：个人独资企业由于不是公司制企业，不缴纳企业所得税，直接缴纳个人所得税。但是，个人从个人独资企业取得的收入，在个税法中属于"经营所"，工资，薪金属于完全不同性质的个人收入。个人所得税的缴纳不需要合并，而是单独计算和缴纳。
个人营业收入按5%-35%的超额累进税率计算缴纳。个人独资企业每季度向当地税务机关申报预预交，每年办理汇算和清缴，统一计算年度收入和年度应纳税额。自然人同时设立多个个人独资企业或者其他合伙企业的，还应当就同一年度各企业的营业收入合并申报纳税。