在发票的使用过程中，经常出现发票丢失的情况，那么，如果发票丢失了，该怎么处理呢？发票丢失可以分为：已开发票丢失和未开发票丢失，普通发票丢失和专用发票丢失。已开专用发票的丢失又分为对方已认证和对方未认证等多种情况。下面我们来一一讨论。
一、未开发票丢失
包括空白专用发票和空白普通发票丢失。
（一）根据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第三十一条规定处理，“使用发票的单位和个人应当妥善保管发票。发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关，并登报声明作废。”。（根据国家税务总局公告2016年第50号公告，自2016年7月28日起，为方便纳税人，税务总局决定取消纳税人的增值税专用发票发生被盗、丢失时必须统一在《中国税务报》上刊登“遗失声明”的规定。注意，该公告只是说不用在《中国税务报》上刊登“遗失声明”，并不是说不用登报，企业单位发票遗失后仍需登报作废。）
然后填报《发票挂失损毁报告表》，持税控设备到国税主管机关或自行办理电子发票退回或作废手续；
（二）税务机关对丢失增值税专用发票的纳税人，可以按发票管理办法未按照规定保管发票的情形，由税务机关责令限期改正，可以并处1万元以下的罚款；情节严重的，处1万元以上3万元以下罚款。
二、已开发票丢失
（一）已开专用发票丢失
1.一般纳税人丢失记账联的处理：如果发票开出后尚未寄出，开票单位可以将发票联复印，作为记账凭证；若已寄出，可使用专用发票发票联复印件，与从金税卡中重新打印一次的记账联，作为记账凭证。到主管税务机关认证作为记账凭证。
（注：发票联由付款方或受票方作为付款原始凭证；记账联由收款方或开票方作为记账原始凭证。）
2.一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》(附件1、2，以下统称《证明单》)，作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。
3.一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。
4.一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
5.如果专票全部联次丢失，参考前面方法处理；或作废该发票（如丢失前未认证的话且在当月的话），然后参照空白发票丢失。
法规依据：国家税务总局公告2014年第19号《国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》
三、简化丢失专用发票的处理流程
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》（附件1、2，以下统称《证明单》），作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
（二）已开普通发票丢失
对于普通发票的丢失管理的规定，缺少统一的明确的规定，各地税务管理机关在对普通发票遗失管理上略有不同，有的地方规定以税务机关认定过的发票复印件即可入账，而有的地方规定要开具红字发票，然后再开新发票，而有的地方规定只要重开新发票即可。因此，如果纳税人发生了丢失发票的情形，需要按照当地税务机关的具体规定来办理。
以上内容对丢失发票的各种情况都尽量的涵盖全面，不过由于相关法规都是地方性质的，可以参考，可能在使用时，要以当地税务机关的规定为准。
四、发票丢失的处罚和对信用评价的影响
丢失发票税务机关会予以罚款，并可能信用评价扣分，当然，非纳税人自身管理因素造成的发票丢失，可积极和税务局沟通，说明情况，避免扣分。