代扣个人所得税的手续费收入不属于企业所得税免税收入。
代扣代缴个人所得税返还的 2% 手续费不属于不征税收入、免税收入，应并入纳税人年度收入总额计算缴纳企业所得税。同时将取得的手续费奖励给本单位从事代扣代缴工作的员工属于工资、薪金，因此在企业所得税上此笔支出是可以作为工资、薪金在税前扣除，并且此项支出可以增加工资总额进而加大税前扣除“三项经费”的扣除基数。
《中华人民共和国企业所得税法》(2007年3月16日第十届全国人民代表大会第五次会议通过 根据2017年2月24日第十二届全国人民代表大会常务委员会第二十六次会议
《关于修改〈中华人民共和国企业所得税法〉的决定》第一次修正 根据2018年12月29日第十三届全国人民代表大会常务委员会第七次会议《关于修改〈中华人民共和国电力法〉等四部法律的决定》第二次修正)
第五条 企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。
第六条 企业以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入，为收入总额。
《财政部 国家税务总局关于财政性资金、行政事业性收费、政府性基金有关企业所得税政策问题的通知》(财税〔2008〕151号)
企业取得的各类财政性资金，除属于国家投资和资金使用后要求归还本金的以外，均应计入企业当年收入总额。