首先，需要明确的是，减免税并不是自动生效的，企业需要主动去申请。在申请减免税前，企业需要了解减免税政策，查看自己享受减免税的资格。如果企业符合条件，就可以开始准备申请材料。
申请减免税材料包括：营业税（增值税）申报表、小规模纳税人增值税申报表、销售发票和购买发票以及与减免税相关的证明材料。这些材料需要准备完整，确保申请材料的可信度和有效性。
接下来，企业需要通过增值税税控系统提供的申报渠道进行申报。在税控系统中，进入减免税申报界面，填写申请表格并上传相关资料。提交申请后，税务部门会对申请材料进行审核，然后向企业下发调整税款通知书。企业需要按照通知书要求缴纳减免税调整后的税款。
需要注意的是，企业在申报减免税时，需要确保申报的减免税政策符合实际情况，申报材料准确无误。如果在申报过程中出现虚假申报、隐瞒税款等违规行为，可能会引发税务部门的调查和处罚。因此企业需要谨慎申报，保持合法合规的经营行为。
总之，申报增值税减免税需要企业掌握相关政策和流程，准备完整的申请材料，并通过税控系统进行申报。很多企业并没有了解和掌握减免税的申报流程，误失了享受税收优惠的机会。因此，企业应该关注国家减免税政策的改变，积极了解减免税的申报流程和细节问题，实现合法合规的税务管理。