首先，建筑企业跨省直属项目部需要在当地税务机关进行税务登记。在税务登记过程中，企业需要提交企业注册登记证明、法人代表身份证明等相关文件，以及企业所得税纳税申报表等税务文件。
其次，建筑企业跨省直属项目部需要按照国家税收法律法规的规定进行企业所得税的计算和缴纳。企业所得税的计算方法为：应纳税所得额 = 全年销售额 - 各项成本 - 营业费用 - 所得减免 - 捐赠支出。企业所得税的税率为25%。
接下来，建筑企业跨省直属项目部需要按照规定时间完成企业所得税纳税申报。一般来说，企业所得税需要按照季度进行申报和缴纳，每季度的截止日期分别为3月31日、6月30日、9月30日和12月31日。
最后，建筑企业跨省直属项目部需要选择合适的缴纳方式。企业所得税可以通过银行转账、现金缴纳、网上银行等多种方式进行缴纳。企业需要根据自身情况选择合适的缴纳方式，确保缴纳的企业所得税符合国家税收法律法规的规定。
总之，建筑企业跨省直属项目部的企业所得税缴纳需要严格按照法律法规进行，确保实现合规纳税。同时，企业也需要根据实际情况选择合适的缴纳方式，提高缴纳效率，确保企业的正常经营。