首先，赔偿款的核算应该遵循原则性、合法性和规范性原则。原则性指的是要根据成本和效益来核定赔偿款的数额，确保其合理合法；合法性是指赔偿款的来源必须符合法律法规和合同约定，如能提供赔偿通知书、调解协议、仲裁裁决书等合法证明文件；规范性则要求企业在赔偿过程中要严格遵守相关的会计准则和规定。
其次，如果赔偿款没有发票，可以采取以下几种方式来做账：
1、开具其他凭证。
做账时，如果没有发票，企业可以开具其他凭证来证明赔偿款的存在，如收据、付款单、赔付清单等。这样虽然不如发票权威，但仍然可以作为依据进行财务核算。
2、进行风险评估。
企业在处理赔偿款时，应当对非正规渠道赔偿款进行风险评估。如果评估结果显示风险比较小，可以选择接受赔偿款，但需要通过书面形式和赔偿方达成协议，明确赔偿款的金额、原因和双方的责任关系等，以作为财务核算的依据。
3、请专业机构鉴定。
如果赔偿款金额较大，企业可以请专业机构进行鉴定，以证明赔偿款的合法性和真实性。鉴定结果可以作为法定依据和财务核算的依据，避免出现财务风险和纠纷。
总之，赔偿款做账需要保证合规性和准确性，如果没有发票，企业可以通过开具其他凭证、进行风险评估和请专业机构鉴定等方式来进行资金核算。