对此问题，需要了解预缴税款的具体性质。预缴税款是指企业根据销售收入的情况，在发生税款之前主动缴纳的税款。一般来说，预缴税款和实际销售额是不一样的，如果在一定期限内无法使用完全，企业就可以申请退税。
申请退税的具体流程也比较简单。企业可以凭借发票原件，在规定的时间内向当地税务局进行申请。在进行申请时，需要提交准确的资料和证明文件，如预缴税款证明、应缴税款计算表等。一旦审核通过，企业就可以得到应退回税款。需要注意的是，企业需要按规定的时间将退回的税款上缴给税务部门。
除了通过代开发票缴纳预缴税款外，企业还可以采用其他方式实现预缴。比如，在进行房地产交易时，买卖双方可以根据合同规定，先行预缴了一定的税款。对于这种情况，如果能够证明实际销售额与预缴税款不符，企业同样可以进行退税。
最后，作为企业，如果想要更好地管理自己的预缴税款，需要做好一些管理工作。比如，及时核查预缴税款的使用情况，避免出现未使用完全的情况；加强对发票管理的监督，防止出现发票丢失或是被篡改的情况。这些措施都能够帮助企业更好地管理预缴税款，同时也能够提高申请退税的成功率。
总之，企业可以通过代开发票预缴增值税，但是如果预缴税款未使用完全，企业可以进行退税。申请退税的流程相对简单，只需提交准确的资料和证明文件即可。当然，为了避免出现退税不成功的情况，企业需要加强对预缴税款的管理和监督，避免出现不必要的麻烦。