首先，可以通过国家税务总局官网查询小微企业证明。在国家税务总局官网的首页，有一个专门针对“办税服务厅”的入口，点击之后就可以看到“纳税人信用信息查询”字样。在此页面中，选择“发票无形资产”即可查询。在该网站中，只需要输入企业税务登记证号码和税务密码，就可以得到企业的小微企业证明。
其次，还可以通过工商局查询小微企业证明。在网上查询小微企业证明时，需要先去企业的工商局网站。找到“小微企业证明”页面，点击“在线查询”按钮，然后输入企业的工商登记号码和注册地址，即可获得小微企业证明。此外，值得注意的是，查询过程中还可能需要输入企业法定代表人的相关信息。
如果企业有注册会计师，还可以联系注册会计师事务所查询小微企业证明。注册会计师事务所可以在其官方网站上查询小微企业证明的相关信息。对于注册会计师事务所而言，查询小微企业证明的流程会比较简单，只需要输入企业名称或是对方的税务登记证号码即可了解企业的小微企业证明相关情况。
在查询小微企业证明时，注意要确保输入的信息准确无误。另外，如果税务局网站无法查询到小微企业证明，可能是由于企业资质不符合要求或相关证明文件不全等原因，需要及时处理好相关问题才能正常办理。
总之，查询小微企业证明并不难，企业只需根据上述方法选择最适合自己的一种，提交正确的资料，即可快速查询到小微企业证明。