增值税期末留抵税额，是增值税一般纳税人（以下简称"纳税人"）已缴纳但未抵扣完的增值税进项税额。我国的增值税税制过去一直实行留抵税额结转下期抵扣制度。此前，先是在个别领域试行了增值税留抵税额退税；2018年，财政部、税务总局《关于2018年退还部分行业增值税留抵税额有关税收政策的通知》（财税〔2018〕70号）规定在部分行业实施一次性的期末留抵税额退税，但并没有将留抵退税作为一种常态化、规范化的制度确立下来。
从2019年开始，我国逐步开始建立留抵退税制度。财政部、税务总局、海关总署联合发布的《关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部、税务总局、海关总署公告2019年第39号）规定，自2019年4月1日起，试行增值税期末留抵税额退税制度。（全面试行留抵退税制度，不再区分行业，只要增值税一般纳税人符合规定的条件，都可以申请退还增值税增量留抵税额）
增值税期末留抵税额及留抵退税概述
根据现行增值税税收政策及计税原理：纳税人当期增值税应纳税额＝当期销项税额－当期进项税额。在实务中，增值税征管制度（包括纳税申报表）规定：纳税人当期增值税应纳税额=当期销项税额-当期实际抵扣税额。
同是基于增值税的计税原理和征管制度规定：纳税人当期的进项税额+上期留抵税额-进项税额转出-免、抵、退应退税额+按适用税率计算的纳税检查应补缴税额=当期合计应抵扣税额。
若当期的销项税额大于当期合计应抵扣税额时，该合计应抵扣税额即为当期实际抵扣税额，因“当期应纳税额=当期销项税额-当期实际抵扣税额”，故以当期销项税额减去该实际抵扣税额后，其差额部分即为当期的应纳税额，需要由纳税人缴纳。
若当期的销项税额小于当期合计应抵扣税额时，当期实际抵扣税额则以当期销项税额为限（相等），因“当期应纳税额=当期销项税额-当期实际抵扣税额”，故当期应纳税额为零；再以当期合计应抵扣税额减去当期实际抵扣税额，其余额（尚未抵扣完毕的差额部分）即为当期的期末留抵税额（即下期“上期留抵税额”），继而结转至下期在计算“合计应抵扣税额”时继续抵扣。如此逐期延续，直至某一纳税期的当期销项税额大于当期合计应抵扣税额时为止。
以上就是增值税留抵税额（“应交税费——增值税留抵税额”科目借方发生额）产生的原因以及计算过程。
时至2019年3月，为了鼓励企业扩大再生产，同时基于退税效率和成本效益的考虑，39号联合公告规定，符合相关规定条件的纳税人，自2019年4月税款所属期起，连续六个月（按季纳税的，连续两个季度）增量留抵税额均大于零，且第六个月增量留抵税额不低于50万元，可以向主管税务机关申请退还增量留抵税额（当期与2019年3月底相比新增加的期末留抵税额）。同时还规定，纳税人当期允许退还的增量留抵税额=增量留抵税额×进项构成比例×60%。
纳税人取得退还的留抵税额后，又产生新的留抵，应重新按照退税资格条件进行判断（“连续六个月增量留抵税额均大于零”这一条件中"连续六个月"不可重复计算），再次满足退税条件的，可以继续申请退还留抵税额。纳税人取得退还的留抵税额后，应相应调减当期留抵税额，并在申报表和会计核算中予以反映。
附加税费计算依据允许扣除留抵退税
依照现行税法及相关政策规定，缴纳增值税的纳税人还需以缴纳的增值税额为计税（征）依据，依7%（5％、1％）缴纳城市维护建设税，依3%和2%的标准分别缴纳教育费附加和地方教育附加。对在市区的纳税人而言，缴纳的城市维护建设税及教育费附加和地方教育附加合计为已缴增值税税额12%的比例。
此前，为配合财税〔2018〕70号文件所定“部分行业实施期末留抵税额退税”政策的实施，财政部、税务总局曾发布了《关于增值税期末留抵退税有关城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加政策的通知》（财税〔2018〕80号），明确“对实行增值税期末留抵退税的纳税人，允许其从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据中扣除退还的增值税税额”。
鉴于财税〔2018〕80号文件并未限定只适用某一时期或某个行业，因此，该项政策适用于所有“实行增值税期末留抵退税的纳税人”。从而，本次39号联合公告发布的深化增值税改革税收政策涉及的增值税期末留抵退税，也适用财税〔2018〕80号文件的规定，即对实行增值税期末留抵退税的纳税人，允许其从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据中扣除退还的增值税税额。
而且，从此前《中华人民共和国城市维护建设税法（征求意见稿）》拟明确规定“对实行增值税期末留抵退税的纳税人，允许其从城市维护建设税的计税依据中扣除退还的增值税税额”来看，该项政策以后将长期存在。
然，对于财税〔2018〕80号文件“对实行增值税期末留抵退税的纳税人，允许其从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据中扣除退还的增值税税额”的规定，有些网友觉得不太好理解，有网友甚至问道：这个文件的意思是不是说，有留抵增值税的，可以在企业应交“城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的税费”中扣除后再退还？
笔者以为，要正确理解财税〔2018〕80号文件的意思，需结合增值税期末留抵退税与当期应纳增值税的关系，以及增值税应纳税额与相应的城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加这几者之间的关系是怎么的。
退还留抵税额对缴纳附加税费的影响
如前所述，纳税人如果不申请退还增值税留抵税额，则可继续抵扣以后纳税期（比如往后5个月）产生的增值税销项税额，直到某一纳税期的销项税额大于当期合计应抵扣税额时，才需以差额部分（即当期增值税应纳税额）为计税（征）依据计算缴纳.
而如果此时申请退还了留抵税额，就意味着后期可继续抵扣的留抵税额清零或减少，当后期（比如此后第2个月）产生的销项税额大于合计应抵扣税额，其差额部分除了成为增值税应纳税额需要缴纳外，还需据此计算缴纳城市维护建设税及教育费附加和地方教育附加。这相当于将已申请退还的这部分留抵税额融入后期的应纳税额，成了城市维护建设税及教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据。
这部分应纳税额（退还的留抵税额）对应的城市维护建设税及教育费附加和地方教育附加，也就一度被称为是因取得增值税留抵税额的退税所支付的“退税费用”。
例1：某市闻涛贸易有限公司2019年10月产生增值税销项税额150万元，当期取得进项税额20万元，9月增值税期末留抵税额为110万元（因不符合期末留抵税额退税条件不考虑退税问题），其10月份的上期留抵税额相应同为110万元，10月份应抵扣税额合计为130万元（当期进项税额20万元 + 上期留抵税额110万元）。
因当期的销项税额（150万元）大于当期合计应抵扣税额（130万元），故当期实际抵扣税额即为130万元。该公司在11月份应申报缴纳10月份增值税20万元：
当期应纳税额＝当期销项税额150万元－当期实际抵扣税额130万元＝20万元。
同时，因该公司缴纳了10月份增值税20万元，当期还应申报缴纳城市维护建设税1.4万元、教育费附加0.6万元、地方教育附加0.4万元：
城市维护建设税：20万元×7%＝1.4万元
教育费附加：20万元×3%＝0.6万元
地方教育附加：20万元×2%＝0.4万元
以上合计缴纳城市维护建设税及附加2.4万元。
例2：某市闻涛建筑有限公司2019年10月产生增值税销项税额150万元，当期取得进项税额20万元，9月份期末留抵税额110万元。其2019年3月期末留抵税额10万元，4月至9月的进项构成比例为100%，增量留抵税额为100万元（9月期末留抵税额110万元-基准期3月期末留抵税额10万元），允许退还的增量留抵税额=（110-10）×100%×60%=60万元，因符合期末留抵税额退税政策，已在10月取得申请退还的增量留抵税额60万元。
此时，其10月份的上期留抵税额变为50万元（9月期末留抵税额110万元-已退还增量留抵税额60万元），10月份应抵扣税额合计为70万元（当期进项税额20万元 + 上期留抵税额50万元）。
因当期的销项税额（150万元）大于当期合计应抵扣税额（70万元），故当期实际抵扣税额即为70万元。该公司在11月份应申报缴纳10月份增值税80万元：
当期应纳税额＝当期销项税额150万元－当期实际抵扣税额70万元＝80万元。
同时，因该公司缴纳了10月份增值税80万元，假设没有相关配套政策，则还应申报缴纳城市维护建设税5.6万元、教育费附加2.4万元、地方教育附加1.6万元：
城市维护建设税：80万元×7%＝5.6万元
教育费附加：80万元×3%＝2.4万元
地方教育附加：80万元×2%＝1.6万元
以上合计缴纳城市维护建设税及附加9.6万元。
附加税费计算依据中扣除退税的效应
针对上述情况，为保证增值税期末留抵退税政策的有效落实，财政部、国家税务总局早在2018年7月份就出台了相关配套政策，对实行增值税期末留抵退税的纳税人，允许其从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据中扣除退还的增值税税额。
怎么理解“允许从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据中扣除退还的增值税税额”这句话的意思呢？现以与例2增值税数据相同的例3来释义。
例3：某市闻涛建筑有限公司2019年10月产生增值税销项税额150万元，当期取得进项税额20万元，9月期末留抵税额110万元。其2019年3月期末留抵税额10万元，4月至9月的进项构成比例为100%，增量留抵税额为100万元（9月期末留抵税额110万元-基准期3月期末留抵税额10万元），允许退还的增量留抵税额=（110-10）×100%×60%=60万元，因符合期末留抵税额退税政策，已在10月取得申请退还的增量留抵税额60万元。
此时，其10月份的上期留抵税额变为50万元（9月期末留抵税额110万元-已退还增量留抵税额60万元），10月份应抵扣税额合计为70万元（当期进项税额20万元 + 上期留抵税额50万元）。
因当期的销项税额（150万元）大于当期合计应抵扣税额（70万元），故当期实际抵扣税额即为70万元。该公司在11月份应申报缴纳10月份增值税80万元：
同时，由于该公司缴纳了10月份的增值税80万元，按一般情形就还应以此为计税（征）依据申报缴纳城市维护建设税及教育费附加和地方教育附加。而根据“对实行增值税期末留抵退税的纳税人，允许其从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据中扣除退还的增值税税额”的政策规定，允许该公司将退还的增值税留抵税额60万元从当期城市维护建设税及教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据（80万元）中扣除，该公司则只需以20万元（80－60）为计税（征）依据申报缴纳10月份的城市维护建设税1.4万元、教育费附加0.6万元、地方教育附加0.4万元：
城市维护建设税:（80－60）万元×7%＝1.4万元
教育费附加：（80－60）万元×3%＝0.6万元
地方教育附加：（80－60）×2%＝0.4万元
以上合计缴纳城市维护建设税及附加2.4万元。
从例1、例2和例3的城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加缴纳金额可见：
1. 例1中的纳税人不涉及退还增值税留抵税额，在11月份应缴10月份的城市维护建设税及附加2.4万元。
2. 如果没有相关配套政策，例2中的纳税人在10月份退还增值税留抵税额60万元以后，在11月份要缴纳10月份的城市维护建设税及附加9.6万元，与例1中的未申请退还留抵税额的纳税人相比，要多缴纳城市维护建设税及附加7.2万元（9.6－2.4），相当于额外支出了退还的60万元留抵税额12%的款项。
3. 而根据相关配套政策，例3中的纳税人在11月份仍只需缴纳10月份的城市维护建设税及附加2.4万元，与例1中的未申请退还留抵税额的纳税人应缴纳的城市维护建设税及附加2.4万元持平。
综上，财税〔2018〕80号文件关于“对实行增值税期末留抵退税的纳税人，允许其从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据中扣除退还的增值税税额”的规定，与“退还增值税期末留抵税额”的政策规定配套使用，企业既取得了增值税留抵退税，又没有增加额外负担，堪称完美之举。