首先，需要明确的是，对于代付方来说，支付的金额既包含了原费用，也包含了代付服务费。原费用需要按照相关规定申报增值税，而代付服务费也应当按照相关规定纳税。同时，需注意的是，货物或服务的转移与代付的时间不同步可能导致税务问题。在实际操作中，需结合具体情况进行核实，如未对进项减税期进行调整，可能会影响企业的增值税纳税额度。
其次，从被代付方的角度来看，其也需要对此进行纳税处理。被代付的费用需要按相关规定进行申报，同时对于代付方支付的服务费，需要进行进项抵扣。需要注意的是，被代付方需确保收到的代付款项和代付金额是一致的，并保存相关单据，以便税务机关的检查和审计。
最后，需要特别提醒的是，企业在进行关联公司款项代付时，要遵守相关税法规定，合法合规的开展贸易活动。行业监管部门也应当制定相应的监管措施，防止企业利用关联公司款项代付等方式进行偷逃税款等违法行为。只有在良好的法治环境下，企业才能稳健发展，经济发展也才能稳健有序。
总之，关联公司款项代付对增值税会产生一定的影响，企业在进行此类交易时应当严格按照税法规定进行申报纳税。同时，监管部门也应当制定相应的监管措施，鼓励企业诚信经营，共同维护健康的税收环境。